זהו סיפורה של אחת מדמויות האקס מן האהובות ביותר, ג'ין גריי (סופי טרנר), המתאר כיצד הפכה להיות הפניקס האפלה האגדית. במהלך משימת חילוץ מסכנת חיים בחלל, ג'ין נפגעת וכמעט נהרגת בידי כוח קוסמי מסתורי אשר בדיעבד הופך אותה לאחת המוטנטיות החזקות ביותר אי פעם. בעודה נאבקת עם כוחה העצום אך הבלתי יציב היא נאלצת להתמודד עם השדים האישיים שלה ועם סביבתה הקרובה. ג'ין מתחילה לאבד שליטה, קורעת לגזרים את משפחת הX-מן ומאיימת להרוס את כלל כדור הארץ.

הפניקס האפלה הוא הסרט העוצמתי ומעורר הרגש ביותר מכלל סרטי הX-מן עד כה. הסרט מאגד 20 שנות סרטי משפחת הX-מן, ומשפחת המוטנטים שכולנו מכירים ואוהבים נדרשת עתה להתמודד עם האויב ההרסני ביותר שידעו עד כה – אחת משלהם.